浩瀚而神秘的宇宙某处，忽然闪现出一对奇异的光球。其中的蓝色光球，似乎在拼命地躲避什么，而尾随其后的红色光球，则紧追不舍。渐渐地，他们靠近了地球……
此时，日本埼玉县龙森湖上空，国际科学警察机构日本分部的科特队队员早田，正驾驶着小型喷气机“威托”进行的例行巡逻。突然，他发现了那两个神秘的光球，正一前一后，以超音速飞行着。早田决定驾机追踪，同时将这一突发事件报告给了总部。当他发现蓝色光球飞入湖中、正准备下降高度进行侦察时，只见前方一道闪光，没等反应过来，喷气机便和尾随的红色光球迎头相撞，随后双双坠落在湖边的森林当中。
在与早田的联络中断后，队长村松、队员岚和伊出火速感到现场，与事先到达的当地警方一同展开了搜寻。
与此同时，一群野营度假的游客先行来到了喷气机坠落的现场，他们看到机体残骸正在熊熊燃烧，碎片随处可见，而早田则被坠地时的爆炸从座舱中抛到了数米外的草地里，就像是死一般的躺在那里。这时，红色的光球突然间从烈火中显现，将早田的躯体吸入其中，然后徐徐上升到半空中。
在红色光球里，处于弥留之际的早田面前，出现了一个巨大的身影。
第二天早晨，搜寻工作仍旧在进行，但村松队长他们对早田生还已经不抱太大的希望了。当留守本部的秋子正准备将一直接通着早田通信频率的对讲机关闭时，话筒中却传来了早田熟悉的声音。在通话中，他要求秋子火速驾机将Ｓ１６号小型潜艇空运到龙森湖。
正在湖岸边的队长一行人对Ｓ１６号的到来非常惊讶，当得知是早田的要求时大家谁都不相信，但紧接着，一艘快艇出现在大家视线中、高速驶向被运抵的Ｓ１６号，而上面坐着的正是早田。在大家的震惊之中，早田并没有过多的解释自己这段时间的“失踪”，而是通报了怪兽百慕拉正潜伏在湖底，他本人将用潜艇进攻，请求队长给予协助。听取了早田的汇报后，作战计划被立即拟定了：早田的潜艇从水下出击，当怪兽经不起攻击、被驱赶到水面上时，由战机“威托”给予进一步的打击。
随着村松队长的一声令下，“ウルトラ作戦第１号”正式开始。在来自水下和天空的强大攻击中，怪兽无处躲藏，但也以怪光线做垂死挣扎，庞大的身躯在湖水中掀起了一阵阵波涛……又一次，怪兽从湖底浮出水面，但嘴里却咬着Ｓ１６号！怪兽将潜艇甩到了岸上，接着又用怪光线燃起的森林大火，潜艇立刻被熊熊大烈火给包围起来。
在这万分危机时刻，早田即时从损坏的潜艇中脱离，将宇宙人给予的贝塔传感器高举指向天空，按下开关——一道耀眼的闪光之后，一个矫健的、银色和红色相间的巨大身躯挡在了怪兽面前。借助贝塔传感器的力量，早田变身为了来自Ｍ７８星云的神秘宇宙人，与怪兽展开了较量。在经过一番激烈的搏斗之后，重伤的怪兽化为蓝色光球试图重新逃回宇宙空间，但被宇宙人发射的特殊光线击中，炸成了碎片。
战斗结束了，大家围到了早田身旁，既为他平安无事而感到高兴，又对那位神秘的宇宙人万分地好奇。
（岚）
“早田！？你真的是早田吗？”
（早田）“当然不会有假，早田只有一个。队长，百幕拉怎么样了？”
（队长）“嗯，宇宙人出现后，把它收拾了。”
（早田）“果然是他，我相信他不会让我失望的。”
（秋子）“那么救你的也是他了？”
（早田）“是他。”
（秋子）“那么他现在去哪儿了”
（早田）“哪里也不能去。由于所乘的宇宙船毁坏，只能留在地球上。”
（伊出）“等一下，你总是这样亲切地称呼‘他’、‘他’的，‘他’到底是谁啊？”
（早田）“没有名字”
（岚）“不可能，世界上怎么会有没有名字的事情。”
（早田）“的确如此……那么，就叫他奥特曼怎么样？”
（秋子）“奥特曼？”
于是，一个伟大的名字就此诞生，奥特曼以早田为化身，开始了他在地球的故事。
每集名称为：
01超人作战第一号
02打击侵略者（巴尔坦1）
02打击侵略者（巴尔坦1） (2)
03科特队出击
04大爆炸5秒前
05食虫草的秘密
06沿岸戒备命令
07诺亚之城
08怪兽无法无天地带
09狂人与魔法石
10木乃伊的呼叫
11电光石火作战
12妖怪博士和恐龙基地
13石油SOS
14珍珠贝防卫指令
15恐怖的宇宙射线
16科特队向宇宙进发（巴尔坦2）
17史前恶魔复活
18恐怖的87国道
19无限护照
20宇宙骗子（冒牌奥特曼）
21突破喷烟
22陆上破坏工作
23我的故乡是地球
24海底科学基地
25彗星与氢弹
26怪兽亲王1
27怪兽亲王2
28人体标本
29来者是谁
30无穷的反击
31向地底挑战
32虚幻的雪山
33怪兽墓场
34岚君被解职
35恶魔星人
36天上来的礼物
37小英雄（怪兽酋长）
38拯救宇宙站
39再见，宇宙英雄
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